認證機構作為第三方認證的基本程序一般包括三個階段：認證資料審核受理、現場審核、糾正措施及跟蹤、認證審核報告、認證后的監督。

    企業根據自己的實際情況，按照規定提出認證申請，填寫《HACCP體系認證申請書》。在提出申請的同時應按認證機構的要求提交相關資料。認證機構對申請企業所遞交的資料進行初步審核，決定是否受理其認證申請。認證文件資料的審核簡稱文審。文審是進行現場審核的基礎。經資料初審可接受申請的，雙方須簽訂認證合同，不予受理認證的，認證機構應發放不予接受申請的通知書。
簽訂認證合同后，認證機構組建審核小組，進入資料技術審核階段。文件資料審核主要是對其符合性、系統性、充分性、適宜性、協調性進行的審核。根據審核情況，決定是否赴企業進行初訪，初步了解企業HACCP體系運作情況，為審核的可靠性收集信息。在文件資料審核、初訪的基礎上，編制HACCP體系現場審核計劃。 

   審核組由組長、審核員、專業審核員組成，組內至少配備一名有相關專業能力的成員。  審核組要參加企業的見面會，按計劃或方案進行現場審核。通過現場觀察、記錄審查、提問  抽查等方法，應對現場審核提出評審意見，歸結審核證據，溝通審核結果，編寫認證審核報告。

    審核結論包括三種情況：推薦認證通過；推遲認證通過；不推薦認證通過。
在HACCP的認證過程中，糾正措施一般有現場跟蹤驗證；對糾正措施的實施記錄追蹤檢查；對糾正措施實施方案的跟蹤。要求三個月內完成糾正措施。
根據《認證機構實施HACCP質量體系認證的認可基本（試行）》的規定，認證機構需每年組織全部體系進行一次復評，復評至少包括一次文件審查和一次現場審核。認證機構可對獲證企業進行監督審核，通常為半年一次，監督企業實施HACCP體系。

    2001年，按照國務院的授權，認證認可管理職能交給國家認證可監督管理委員會承擔，HACCP體系認證工作實行了依法管理。2002年5月，我國強制性要求六類產品生產出口企業，即生產水產品、肉及肉制品、速凍蔬菜、果蔬汁、含肉及水產品的速凍食品、罐頭產品的企業實施HACCP體系，這一要求標志著我國在食品企業應用HACCP體系進入了強制性實施階段。